電磁波は太陽光発電に限らず一般住宅であれば日常的に発生しています。原因不明の慢性的な体調不良などの症状があれば原因として疑う場合があります。太陽発電を載せるとそれだけ原因個所が増加しますから、そういう意味でお気を付け下さい。
 
食品などと異なり因果関係が明確にされていないため、日本ではあまり話題になっていませんが欧米では危険視されているようです。（20年ほど前にドイツに健康的な家づくりをするための勉強に行ったとき、すでに話題になっており対策された家を見学したことがあります。）
 
日本でも電磁波の人体への影響を考慮した医療機関があります。
http://naturalfamilyclinic.com/blog/%ef%bc%95%e3%81%a4%e3%81%ae%e7%97%85%e5%9b%a0%e8%ab%96%e3%80%80%e3%81%9d%e3%81%ae%ef%bc%92/
こちらの病院さんは私が設計段階から関わらせて頂き施工した建物です。
 
コストもかかるため一般住宅で採用される方がまだ少ないので残念に思っていますが、簡易的なグッズも販売されているので活用されるの良いかもしれません。

ご質問への回答としては、「太陽光発電がどれくらい電磁波を出しているか」という事になるかと思います。
これについては財団法人電気安全環境研究所（JET)という機関が、太陽光モジュール（一般的に言われるパネルの事、以下太陽光パネル）とパワーコンディショナー（太陽光発電で作った電気を電力会社の電気と同じ交流の電流に変換する装置）からどれくらいの電磁波が発生しているかを測定した結果をHPで公表しています。

【太陽光発電システムから発生する静磁界及び商用周波数磁界】
http://www.jeic-emf.jp/recommendations_society/society/photovoltaics.html

ページに記載された要約には『測定結果は、測定対象から0.20m離れると、静磁界は地磁気よりもはるかに小さく、交流磁界も他の家電製品と同程度であった。』とありますし、また資料１の中には、太陽光パネルについては『ヒトへの健康影響を考慮して国際非電離放射線防護委員会（ICNIRP）がガイドラインを公表しておりその参考レベル（一般公衆に対し400ｍT）と比較しても低い値』パワーコンディショナーについては『距離0.30ｍの測定値は、電気製品周辺の商用周波数次回と同程度と評価でき、0ｍの測定値を含めてICNIRPガイドラインの制限推奨値（一般公衆に対し200μT）より低い値』と記載されています。

上記ページ内からリンクされている資料１を見ますと、太陽光パネルは20cm離れた位置で最大の物で最大電流値換算で11.1マイクロテスラ（111ミリガウス）、パワーコンディショナーは30cm離れた位置で最大の物で11.9マイクロテスラ（119ミリガウス）となっています。別の資料を見ますと電気カーペットでは距離0cmでの電磁波数値が10.4マイクロテスラ（104ミリガウス）という事なので、それより少し大きい値程度となります。

太陽光パネルは屋根の上に付けているので距離は大分離れますし、この測定に使用したパワーコンディショナーは家庭用（4kW～５kW程度）と比べ大型の産業用の30kWの物という事です。また各メーカーの機器はこの機関より国際ガイドラインの規定内の物であるという認証を個別に受けています。これらのことから家庭用の太陽光発電システムでは電磁波の影響はかなり少ないと考えられます。
パワーコンディショナーはメーカー、用途により屋外設置タイプと屋内設置タイプがあります。屋外設置タイプなら屋内への影響は より少ないかと思います。家屋外については、下記リンク先の最下段にあるようにアマチュア無線の特定周波数帯に影響を与える場合があります。
http://www.sharp.co.jp/sunvista/step2/conditioners/