日本古来からの建築用語に「土台ヒバ、柱ヒノキに梁はマツ」という言葉があります。
ヒバは水に強く、白蟻を寄せ付けづらいという性質を持ちますので、湖の桟橋などに使われています。
故に土台周りには（基礎のコンクリートは水を吸う）ヒバが良いと言われています。
柱には縦の力に強いヒノキが良いと言われています。
梁には横の張力に強い松が良いと言われています。
沼津の千本浜や三保の松原など、防風林として松が植えられていますが、海からの横風を防ぐ為、杉や檜ではなく、横からの力に強い松が植えられています。

この様に、「材料の強度」と言うより「材料の性質・特性」に留意すべきだと思います。
また集成材に関しては、強度的には無垢材の1.5倍の強度があると言われていますので、全く問題ありません！ 集成材は何枚かの板を貼りあわせてプレスし1本の柱にしますが、昔はその時に使用する接着剤からホルムアルデヒドやVOC等の有害物質が排出され、シックハウス症候群等の原因となりましたので敬遠される方もいますが、今は有害物質が出る事は全くありません（有害物質が排出される材料を買いたくても売ってませんね（笑））ので心配はありません！

最後に床ですが、無垢材は季節（湿度）によって収縮しますので、隙間があいたり、反ったりする事は最初に承知しておいて下さい。
また無垢の床に濡れたコップを置けば跡が残りますし、お醤油などこぼしたらOUTです！

どうしても無垢材に拘るのであれば、桜などの固い木（カバ桜などは固くて質感も最高ですよ♪）をお選びいただくと良いと思います・・・。
また、無垢材というのは自然に育ったものなので、人間の都合よく綺麗な色にはなかなかなりませんが、白く、綺麗な床でないと健康的に見えませんので、漂白してコーティングしてある床も多くありますので注意が必要です！

材料には全て、長所と短所がありますので、工務店毎に言う事が違って戸惑うと思いますが、色々な方のお話を聞かれて、家づくりをお楽しみください♪

材料の強度はヤング係数という数値で示します。
一般的な材木の強度は、

杉（70）　＜　ヒノキ（90）　＜　レッドウッド集成材（95）　＜　米松（110）

このようになります。（　）内がヤング係数です。
材料には適材適所があり、それぞれ会社さんによって考え方は異なると思います。

フローリング→　ナラ、カバザクラ、チーク、等
柱→天竜ヒノキ
梁→天竜杉
天井、壁仕上げ→　杉、ヒノキ、パイン

フローリングには硬い材料がお勧めです。
杉、ヒノキ、パイン等の柔らかい材料を使用するとちょっとした事ですぐに傷になります。
それを「無垢材の風合い」として感じられれば柔らかい材料も温かみがあるので良いと思います。
構造材に集成材を使用しても、強度的にも無垢材を上回りますしなんら問題はありません。
様々な理由から多くの建設会社が使っています。
ただ、接着剤を利用して作られた物である事は間違いないので、大木工務店では集成材を一切使用していません。組み方と材料の使い方次第では、無垢材でも最高の強度が得られます。
地元の材料で組み上がった構造には、なんとも言えない暖かみと安心感があるので、お勧めですよ。