住むお客様の考え方によっても、メリット、デメッリトは変わってくると思います。小さい建物が欲しい。大きい建物が欲しい。お客様の考えは様々です。
スキップフロアを採用するかしないかではなく、何を優先して家造りをするかを検討してみて下さい。

●家を小さく建てたい人　
【メリット】
・スキップフロアを採用することで、複層階を確保できます。(通常2階建てなら2層のみ)
・建坪が小さくても、複層階できることで、生活有効面積も増えます。
・収納スペースとして利用できます。

【デメリット】
・毎日の上り下りは当然にある。 

スキップフロアという事は、中2階収納等を設置されたいという事だと思いますので、そちらでのメリット、デメリットを回答させて頂きます。

【メリット】
・建築基準法上、床面積に対して50%以上ものスペースを確保できます。　
・小屋収納では、はしごで登っての収納になりますので、登り降りが大変ですが、中2階収納では、フロアレベルでの収納ができます。
・一階と二階の間にある中2階が緩衝地帯の役割を果たし、下階へ音を伝わりにくくします。
・中2階収納の分だけ隣家よりも高い、2.5階ですので、窓からの景色がより遠くまで見渡すことができます。隣家と窓越しに視線が合うこともなくなります。
・リビングの天井高が高く取れます。

【デメリット】
・あまりありませんが、コストが高くなる事でしょうか。